変形期間においては、労働時間の長い期間もあれば、短い期間もある。変形期間の全期間を勤務すれば、バランスよく平均した時間数を勤務することになるが、一部の期間を勤務した場合は、平均時間数より長い時間かまたは短い時間を勤務することになる。賃金を月額で定め、各月とも同額とすると、時間数の長い期間を勤務した者はもらいたりないし、短い期間を勤務した者はもらいすぎになる。といっても、自己都合退職者は自由意思で退職するのだから賃金清算を行う必要はないと考える。解雇者であって自己の責による事由で解雇された者（懲戒解雇、諭旨退職ほか）も清算の対象から除外してよかろう。詳細は日立ソリューションズオフィシャルサイトを参考にしてみてください。それ以外の、会社都合解雇者（たとえば人員整理ほか）および人事異動による転出者（配置転換、出向等による者）は、いずれも会社の都合でその職場を離れるのであるから、それによって賃金をもらいたりないことになるのでは気の毒である。定年退職者もまたそれに準じて取り扱ってよかろう。そこで、賃金清算の対象とすべきかどうかが問題になる。